De DOEB bestaat uit vier fasen: onderzoeken, aflijnen, doorlichten en versterken. De eerste fase start zodra er een begin wordt gemaakt met de uitwerking van een beleidslijn of regelgeving. De DOEB loopt mee met het besluitvormingsproces.
Fase 1: onderzoeken
Onderzoeken gebeurt door middel van een snel onderzoek waardoor u snel weet of een voorgenomen maatregel belangrijke mogelijke negatieve of onvoorziene effecten heeft. Indien niet, dan is er geen DOEB nodig. Als het dossier tot een van de uitzonderingscategorieën behoort vanzelfsprekend ook niet.
Fase 2: aflijnen
Blijkt uit het onderzoek dat de beleidsbeslissing aanzienlijke negatieve of onvoorziene effecten kan hebben, dan worden de inhoud en de doelstelling van de voorgestelde maatregel beschreven en de werkwijze van de DOEB in detail vastgelegd.
Fase 3: doorlichten
Na het aflijnen worden de voornaamste negatieve of onvoorziene effecten van de voorgenomen maatregel in kaart gebracht en grondig geanalyseerd; de maatregel en de eventuele alternatieven worden met elkaar vergeleken.
Fase 4: versterken
Op het einde van de DOEB-procedure worden de flankerende maatregelen geformuleerd. Dat zijn extra maatregelen die de onvoorziene effecten van de beleidslijn of regelgeving tot een minimum beperken en de gewenste effecten versterken.